これは視覚的な不具合です。

オルゴールが現在マップで示されているところにない場合は、すでにそのアイテムを収集しているということです。ゲーム内メニューのロンドンの秘密から進行状況をたどることで確認することができます。 

その他ご質問がございましたら、お気軽にお問い合わせください。